O principal veto diz respeito á instituição do Fundo Nacional de Desenvolvimento Urbano Integrado (FNDUI), que teria a finalidade de captar recursos financeiros e apoiar as ações de governança interfederativa. Além de verbas públicas, o FNDUI poderia receber contribuições e doações de pessoas físicas ou jurídicas, entidades e organismos de cooperação nacionais e internacionais.
O segundo veto diz respeito à possibilidade de um único município isolado e o DF serem considerados uma região metropolitana, por já existir instrumento de cooperação adequado – a Região Integrada de Desenvolvimento Econômico (RIDE), prevista na Constituição.
O presidente do CAU/BR, Haroldo Pinheiro, considera que o veto à criação do FNDUI enfraquece a eficácia da lei, descolando as decisões sobre os projetos e obras das decisões sobre os recursos para viabilizá-los.